La causa de la mayoría de las pérdidas del embarazo es el resultado de cromosomas o anormalidades genéticas, y son acontecimientos que ocurren al azar.

La anomalía puede provenir del óvulo, el esperma o el embrión precoz. Aproximadamente el 15% de todos los embarazos clínicamente reconocidos terminan en aborto espontáneo; sin embargo, se estima que al menos el 40-50% de todas las concepciones terminarán en las primeras 12 semanas de gestación. El avance de la edad materna se asocia con un mayor riesgo de aborto espontáneo, que se cree que se debe a una mala calidad del óvulo y que conduce a anomalías cromosómicas (genéticas). A veces, la madre o el propio padre pueden tener una ligera irregularidad en sus genes, pero la descendencia podría ser más gravemente afectada y así dar lugar a un aborto espontáneo.

A veces, puede haber una anomalía en el útero que lleva al aborto espontáneo. El aborto espontáneo puede deberse a un mal flujo de sangre del útero al feto o a inflamación. Algunas mujeres pueden nacer con un útero con forma irregular, y algunas mujeres pueden desarrollar anomalías con el útero con el tiempo (es decir, fibromas). El sistema inmunitario de una mujer también puede desempeñar un papel en la pérdida recurrente de embarazo. Las anomalías hormonales también pueden afectar la pérdida del embarazo, incluyendo la enfermedad tiroidea y la diabetes. Las anomalías en la coagulación sanguínea de la madre también pueden afectar la pérdida del embarazo.