Típicamente, el mini protocolo de IVF implica una combinación de una medicación oral tal como Clomid (económico) con una cantidad limitada de HMGS inyectable (gonadotropinas menopáusicas humanas) tales como Menopur. Debido a que se prescriben dosis más bajas de medicamentos para la fertilidad, el costo para el paciente por mini ciclo de FIV se reduce considerablemente. La medicación final utilizada en este protocolo de FIV puede ser el uso un agonista de GnRH (como Lupron) o una aplicación de HCG o una combinación de los dos. Para las mujeres que han experimentado el síndrome ovárico de la hiperestimulación (SHEO) con una tentativa anterior de IVF, el mini protocolo de IVF es un acercamiento más seguro debido a la cantidad disminuida de óvulos creados y potencialmente el uso del agonista de GnRH como fármaco final.

El pequeño número de embriones que se crean con un mini ciclo de FIV puede ser probado mediante el analisis genético de preimplantación (PGS) como en otros ciclos de FIV. Incluso si el paciente elige no utilizar PGS, el embrión(s) necesitaría ser congelado y ser transferido de nuevo al útero como parte de un ciclo congelado de la transferencia del embrión (FET) cuando la cubierta uterina es más receptiva. Clomid tiene un efecto temporalmente negativo sobre la cobertura uterina y necesitamos un período de “lavado” de modo que responda mejor al estrógeno.